帝丹高二年级的工藤新一侦破了无数棘手案件，是被誉为"日本警察的救世主"的高中生名侦探。某天，新一和女朋友毛利兰约会时，碰到全身黑衣黑帽的可疑男子，因好奇心的驱使而跟踪他们。然后，新一目睹了不明组织恐吓人的情景，对方为了杀人灭口，就把一种新发明的毒药灌进他的嘴里……结果他的身体竟然变小了！
困扰的新一为了避人耳目，化名为"江户川柯南"借住在毛利侦探事务所，追查不明组织的下落……为了不被怀疑，柯南甚至还去上小学，私底下则辛苦地帮助毛利小五郎破案……